FileReader 追記
JDC に投入したデータを遡って調査したところ、壊れたファイルが見つかったので 再投入した。
調査の過程で解ったことは、2014年4月まではファイル破損がなく、 2015年4月から破損が生じていることである。このことから、 2014年4月後半に端末の MacBook を買い替えたことがエラー顕在化の 原因と推定される。
以前に使用していた MacBook は 2009年に購入したもので、性格が貧乏性のため 2014年まで使っていた。OS も Leopard のまま、アップグレードせず。 おそらく、Leopard の Safari には FileAPI が実装されていなかったのだろう。 ネットで拾った JavaScript コードは、 FileReader が実装されていればそれを使い、 実装されていなければファイルを直接読む、というようなロジックが組まれていたので、 前の MacBook で開発している時には FileReader.readAsBinaryString() が 実行されていなかったのだと思われる。そのため開発中ずっとこのバグに 気がつかなかった、ということなのだろう。
盲点だった。古い環境を使い続けるのも考えものだな。
これで少なくとも、私が JDC 開発中にバグに気付かなかった原因は解った。 しかし他の人々が FileReader.readAsBinaryString() の挙動を誤解していた （している？）原因はやはり不明である。